Voor de weguitbreiding tussen Schiphol, Amsterdam en Almere en de bouw van de nieuwe Spieringbrug is de laatste kilometer van het uitwateringskanaal tussen het Naardermeer en de Vecht verplaatst. Beiden wateren kennen een eeuwenlange geschiedenis waarin zij ook meerdere malen van elkaar gescheiden zijn geweest.
Oer-Vecht
Omstreeks 2200 voor Christus stroomde de Oer-Vecht het gebied in, als zijtak van een voormalige Rijnarm. De Vecht en het Naardermeer stonden toen met elkaar in verbinding. In de 13e eeuw werd vervolgens de Vecht ingedijkt en verrezen ook langs het Naardermeer een aantal dijken. Daardoor werden de de wateren in 1383 definitief van elkaar gescheiden. Het Naardermeer stond vanaf toen niet meer onder invloed van getijde. Terwijl de Vecht in open verbinding bleef met de toenmalige Zuiderzee.
Militaire functie
In 1629 is het Naardermeer drooggemalen om het tekort aan landbouwgrond op te lossen. Maar in hetzelfde jaar zette het ministerie van Defensie het meer weer onder water. Het duurde tot 1804, voordat er een nieuwe poging werd ondernomen om het Naardermeer droog te leggen. Ondanks de bouw van 3 molens, mislukte dit plan. De laatste poging om het Naardermeer droog te leggen stamt uit 1883. Het zou toen met stoomkracht worden drooggelegd, maar ook dat ging niet door.
Amsterdamse plannen
Bedreigingen voor het Naardermeer bleven ook na de pogingen tot drooglegging bestaan. Zo wilde gemeente Amsterdam het Naardermeer in 1904 dempen met stedelijk afval uit de hoofdstad. Dit plan was de directe aanleiding voor de oprichting van de Vereniging tot behoud van Natuurmonumenten. De vereniging kocht het meer en redde het van de plannen van gemeente Amsterdam.
Waterlinies
Als onderdeel van De Nieuwe Hollandse Waterlinie en de Stelling van Amsterdam hadden het uitwateringskanaal en Naardermeer een militaire functie. Het ministerie van Defensie ontwikkelde de Nieuwe Hollandse Waterlinie van begin 19e tot halverwege de 20e eeuw. Deze verdedigingswerken lopen van Muiden tot aan de Biesbosch. Door het gebied onder water te zetten moest de vijand uit oostelijke richting worden tegengehouden. Na de Tweede Wereldoorlog verloor de Nieuwe Hollandse Waterlinie definitief haar militaire functie.
Ecologische verbindingszone
Hoewel het Naardermeer tot nu toe behouden is gebleven, zijn de bedreigingen zelfs in de 21e eeuw nog niet geweken. Deze komen nu vanuit de kant van de infrastructuur. In de jaren ‘60 is de A1 aangelegd en sinds de jaren ‘80 loopt de spoorlijn Weesp-Almere dwars door het gebied. Voor de weguitbreiding tussen Schiphol, Amsterdam en Almere en de bouw van de Spieringbrug is dus nu de laatste kilometer van het kanaal verplaatst. De oevers van dit nieuwe kanaal zijn onderdeel van een ecologische verbindingszone en bedoeld als leefgebied voor onder meer de bever, otter en ringslang.